症状
久々にrdkitをインストールしようとしたらModuleNotFoundError
In [1]: import rdkit --------------------------------------------------------------------------- ModuleNotFoundError Traceback (most recent call last) <ipython-input-1-6b72bd8913ab> in <module>() ----> 1 import rdkit ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit'
やったこと
環境：AWSのDeep Learning AMI (Ubuntu) Version 15.0
~$ conda create -n rdkit-env ~$ source activate rdkit-env ~$ conda install -c rdkit rdkit ~$ conda list # packages in environment at /home/ubuntu/anaconda3/envs/rdkit-env: # # Name Version Build Channel blas 1.0 mkl bzip2 1.0.6 h14c3975_5 ca-certificates 2018.03.07 0 cairo 1.14.12 h8948797_3 certifi 2018.8.24 py36_1 fontconfig 2.13.0 h9420a91_0 freetype 2.9.1 h8a8886c_1 glib 2.56.2 hd408876_0 icu 58.2 h9c2bf20_1 intel-openmp 2019.0 118 jpeg 9b h024ee3a_2 libboost 1.65.1 habcd387_4 libedit 3.1 heed3624_0 libffi 3.2.1 hd88cf55_4 libgcc-ng 8.2.0 hdf63c60_1 libgfortran-ng 7.3.0 hdf63c60_0 libpng 1.6.34 hb9fc6fc_0 libstdcxx-ng 8.2.0 hdf63c60_1 libtiff 4.0.9 he85c1e1_2 libuuid 1.0.3 h1bed415_2 libxcb 1.13 h1bed415_1 libxml2 2.9.8 h26e45fe_1 mkl 2019.0 118 mkl_fft 1.0.6 py36h7dd41cf_0 mkl_random 1.0.1 py36h4414c95_1 ncurses 6.0 0 rdkit numpy 1.15.2 py36h1d66e8a_1 numpy-base 1.15.2 py36h81de0dd_1 olefile 0.46 py36_0 openssl 1.0.2p h14c3975_0 pandas 0.23.4 py36h04863e7_0 pcre 8.42 h439df22_0 pillow 5.3.0 py36h34e0f95_0 pip 10.0.1 py36_0 pixman 0.34.0 hceecf20_3 py-boost 1.65.1 py36hf484d3e_4 python 3.6.5 hc3d631a_2 python-dateutil 2.7.3 py36_0 pytz 2018.5 py36_0 rdkit 2018.03.4.0 py36h71b666b_1 rdkit readline 7.0 ha6073c6_4 setuptools 40.4.3 py36_0 six 1.11.0 py36_1 sqlite 3.23.1 he433501_0 tk 8.6.8 hbc83047_0 wheel 0.32.1 py36_0 xz 5.2.4 h14c3975_4 zlib 1.2.11 ha838bed_2
conda listではrdkitが表示されるのに上述のimportエラー
解決方法
rdkitのgithubを探したら同様のエラーで困っている人がいました。
結論はconda install jupyterで解決.
rdkitをインストールした環境にjupyterがインストールされていないと別のroot環境のカーネルから実行されてしまうようです.
なのでrdkitがエラーの原因ではありません.
ちなみにipythonを使用せずpythonから直接実行すればこのエラーは発生しません.
