LIMEというモデル解釈ツールを使用してDeepChemで作成した回帰モデルの解析を行います。 本稿はDeepChemのモデル解釈チュートリアルを参考に作成しています。 ※化合物ではなく一般的なテーブルデータから作成されたモデルにLIMEを適用する例は下記を参照くだ…

kaggleで大人気のxgboostもDeepchemで使用することができます。 XGBoost Documentation — xgboost 0.80 documentation 準備 例によってdelaney水溶解度データセットを読み込みます。featurizerは適当にRDKitDescriptors()にしました。 import deepchem as dc…

分子グラフの畳み込みモデルでdelaney-水溶解度データセットの回帰を行います。 csvデータのロード 例のごとくdelaney水溶解度データセットをロードします。 MPNNモデルやCoulomb matrix featurizerなどを使いたい場合は立体構造が必要ですが、ConvMolFeatur…

DeepChemのチュートリアルを参考に、化合物の水溶解度データセット(delaneyデータセット)を用いて単目的回帰します。 Modeling Solubility 化合物フィンガープリントによる単目的回帰 まずはオーソドックスな化合物フィンガープリントによって単目的回帰を行…

Pythonの化合物グラフ畳み込みのライブラリであるDeepChemを試します。 インストール GPU版をインストール ~$ conda create -n deepchem-gpu ~$ conda install jupyter ~$ conda install -c deepchem -c rdkit -c conda-forge -c omnia deepchem-gpu=2.1.0 …